Urs übernahm als Cheftrainer die Profi-Mannschaft der Männer des 1. FC Union Berlin im Sommer 2018, nachdem er zuvor den FC Basel betreut und zu zwei Meistertiteln und einem Pokalsieg in der Schweiz geführt hatte. Unter Anleitung des früheren Schweizer Nationalspielers und Rekordspielers des FC Zürich stieg Union erstmals in der Vereinsgeschichte in die Fußball-Bundesliga auf. Dem Klassenerhalt im ersten Bundesligajahr folgten nacheinander die Qualifikationen für die UEFA-Wettbewerbe Conference League (2021), Europa League (2022) und Champions League (2023). Im November 2023 trennten sich nach einer außergewöhnlichen Niederlagenserie die Wege von Union und Urs Fischer einvernehmlich.

Mit einer fünfeinhalb Jahre währenden Tätigkeit als Cheftrainer ist Urs Fischer nach Heinz Werner und Uwe Neuhaus der Union-Trainer mit der längsten Amtszeit. Nach seiner Zeit bei Union übernahm er nach fast zweijähriger Pause kürzlich die Bundesliga-Männermannschaft des 1. FSV Mainz 05.

Alles Gute, Urs, herzliche Glückwünsche – Eisern Union!