Als Aktiver war der gebürtige Uenglinger vom Nachwuchs- bis in den Männerbereich für die in den 1950er-Jahren erfolgreiche BSG Lok Stendal aufgelaufen – hier hatte er 39 Einsätze in der Oberliga bestritten. Bald darauf wechselte er zu Motor Schwerin, schloss in der mecklenburgischen Bezirksstadt sein Diplom-Sportlehrerstudium, unterrichtete zunächst an einer Oberschule und trat hier 1966 seine erste Trainerstellung an.

Beim 1. FC Union Berlin nahm er erfolgreich die Herausforderung an, den Klub in die höchste DDR-Spielklasse zurückzuführen. Erstmals in der Vereinsgeschichte etablierte sich die Mannschaft für vier Spieljahre, bis 1980 in der Oberliga. Unter seiner sportlichen Leitung stieg das Team nach zwei Jahren der Zweitklassigkeit 1982 erneut auf. Mit diesem Erfolg verabschiedete der Trainer sich von seinen Spielern und den Anhängern nach 180 Pflichtspielen. Sportverbandsinterne Auseinandersetzungen endeten mit seiner Ablösung, die er selbst als Verbannung beschreibt.

Nachdem er später die Mannschaft der BSG Stahl Brandenburg in die Oberliga geführt und den FC Karl-Marx-Stadt betreut hatte, trainierte Heinz 1989 für einige Monate gemeinsam mit zwei Kollegen die Nationalmannschaft der DDR. Nach 1990 führte ihn sein Beruf zum Bundesligisten MSV Duisburg, zu chinesischen Vereinen und zum FSV Zwickau, bevor er bald darauf als Sportdirektor und Aufsichtsrats- wie auch als Präsidiumsmitglied des 1. FC Union Berlin erneut Verantwortung in Fußball-Köpenick übernahm.

Im Dezember 2013 löste Uwe Neuhaus ihn als am längsten amtierenden Cheftrainer des Klubs ab.

Für den „Bund Deutscher Fußballlehrer“ war er in der Trainer-Fortbildung im In- und Ausland ein anerkannter und vielgefragter Referent. Heinz trägt die Bronzene, die Silberne und die Goldene Ehrennadel des 1. FC Union Berlin. Der Klub dankte ihm 2011 für seinen Einsatz und für seine Verbundenheit mit der Ernennung zum Ehrenmitglied.

Herzliche Gratulation, Eisern Union, Heinz Werner!