Urs wurde Cheftrainer von der Männer-Mannschaft des 1. FC Union Berlin im Sommer 2018. Davor trainierte er den FC Basel. Mit ihm gewann der FC Basel zwei Meistertitel und einen Pokal. Unter Urs stieg Union zum ersten Mal in die Bundesliga auf. Im ersten Jahr blieb Union in der Bundesliga. Danach qualifizierten sie sich für die UEFA-Wettbewerbe: Conference League (2021), Europa League (2022) und Champions League (2023). Im November 2023 endete die Zusammenarbeit von Union und Urs Fischer nach vielen Niederlagen.

Urs Fischer war fünf Jahre und sechs Monate Cheftrainer. Damit ist er der Trainer mit der längsten Zeit bei Union nach Heinz Werner und Uwe Neuhaus. Nach seiner Zeit bei Union begann er vor kurzem, die Männer-Mannschaft des 1. FSV Mainz 05 zu trainieren.

Alles Gute, Urs! Herzliche Glückwünsche – Eisern Union!